Компания создана 15 апреля 1993 года. Она объединила крупнейшее нефтедобывающее предприятие "Юганскнефтегаз", расположенное в Ханты-Манскийском автономном округе, три нефтеперерабатывающих завода в Самарской области и предприятия сбыта нефтепродуктов в восьми регионах России. В 1995 году в состав ЮКОСа вошло объединение "Самаранефтегаз", новые сбытовые предприятия, ряд научно-исследовательских институтов. В конце 1997 года ЮКОС, заплатив свыше $1 млрд, стал владельцем контрольного пакета акций Восточной нефтяной компании, объединяющей 12 предприятий в центре Сибири. В 2000 году ЮКОС приобрел 68% акций Восточно-Сибирской нефтегазовой компании, разрабатывающей перспективнейший Юрубченский участок Юрубчено-Тохомской нефте-газоносной зоны в Красноярском крае. В 2001 году ЮКОС стал владельцем Ангарской нефтехимической компании в Иркутской области. В апреле 2002 года ЮКОС приобрел 49% акций государственной словацкой трубопроводной компании Transpetrol - оператора магистральных нефтепроводов на территории Словакии. Кроме того, в 2002 году Компанией была проведена сделка по приобретению пакета акций литовского концерна Mazeikiu Nafta, в который входят Мажейкяйский НПЗ, терминал Бутинге и Биржайский нефтепровод. Сегодня ЮКОС является крупнейшим акционером Mazeikiu Nafta и обладает правами на управление предприятием. В активе Компании появились газодобывающие предприятия "Арктикгаз", "Роспан" и "Уренгойл".